急性菌痢的患儿都必需送医院治疗。重型病症：尤其中毒性菌痢患儿应住院治疗，及时针对病情采取综合抢救措施。轻型患儿可在医生指导下在门诊或家里治疗，家长应配合医生做好护理工作，这样可大大缩短病程，提高疗效。
具体措施如下：
1、抗菌素：根据当地、当时，与病人具体情况来选择药物，应选用痢疾杆菌敏感的抗生素，中毒性菌痢应用2—3种抗生素联合应用，且用静脉给药方式，使血液中抗菌素在短时间内达到冲击的浓度。一般菌痢可采用口服方式，若不能口服者，也可改用静脉或肌注给药，常用抗生素有头孢类、氨苄青霉素等，疗程7—10天。待粪便培养阴性后停止。
2、纠正水电解质紊乱及酸中毒：腹泻患儿液体和电解质丢失很多。口服补液溶液对轻、中型脱水患儿适用，用量根据情况腹泻情况和脱水纠正情况来调整，家长要按照医嘱给小儿冲水喝，直到脱水纠正为止。严重的脱水或呕吐不能口服，需静脉补液给予纠正。
3、中毒性菌痢治疗原则为迅速降温，解除小动脉痉挛，改善微循环。单用退热剂往往高热降不下来，应配合物理降温，如冰帽、酒精擦浴等，同时用1％温盐水灌肠，无效者再用冬眠疗法，争取在短时间内将体温降到36—37度，冬眠时间不超过12—24小时，并积极抢救循环和呼吸衰竭。
4、休息和饮食：菌痢患儿都应卧床休息，按肠道传染病隔离，消毒处理粪便。无呕吐或重型菌痢一般不禁食，但要根据病情调整饮食。首先停止吃不易消化的食物，以减轻胃肠道负担。母乳喂养的孩子可继续喂母乳，可适当减少喂奶次数，喂奶间隔时间适当延长，每次喂奶时间缩短，暂停添加辅食。人工喂养的孩子病初可将牛奶加米汤或开水稀释后喂。待病情好转再逐渐增加奶量及辅食，以后慢慢地过渡到正常饮食。年龄较大的孩子应给予清淡易消化的流质或半流质食物，如面条汤等，病情好转后改为软饭，再逐渐增加瘦肉、鱼、蛋类等以增加营养。
5、支持疗法：菌痢伴有营养不良的患儿可输血浆、白蛋白或氨基酸等，贫血严重可少量多次输新鲜血，以增加抵抗力。
6、保持臀部清洗：腹泻次数多，患儿容易发生尿布皮炎，因此在患儿每次便后要用温水清洗臀部，并擦干。应选用吸水性强的，较软的布做尿布，避免用塑料布垫在孩子的屁股上，或包得过紧。发生尿布皮炎后可选用凡士林、锌氧油等涂于臀部，每日2—3次，轻者2—3天，重者5—7天即可痊愈。
脱肛也是腹泻的并发症，可用油纱布或温盐水纱布将脱出的肠管轻轻托回，待菌痢好了，脱肛也就自然痊愈。
